根据《国家税务总局 关于资金账簿印花税问题的通知》(国税发〔1994〕25号)的规定，
(一)生产经营单位执行“两则”后，其“记载资金的账簿”的印花税计税依据改为“实收资本”与“资本公积”两项的合计金额。
(二)企业执行“两则”启用新账簿后，其“实收资本”和“资本公积”两项的合计金额大于原已贴花资金的，就增加的部分补贴印花。
因此，企业注册资金与实收资本金额不相同时，应按“实收资本”与“资本公积”两项的合计金额计算缴纳印花税。
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